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Sehr geehrte Damen und Herren,

wir erhielten eine weitere Bieterfrage, die wir Ihnen hiermit mitteilen und beantworten möchten:

Sind die Proben für die Sanger-Sequenzierung bereits vollständig (BigDye+Primer+PCR Produkt), sodass lediglich die Sequenzierung auf dem Kapillarsequenzer nötig ist? Oder müssen die Proben noch in irgendeiner Form aufbereitet werden?

? Antwort: Wir schicken 5 uL PCR Produkt gemischt mit 5 uL Primer (2.5 uM Endkozentration).


Weiterhin gibt es hier noch einen kurzen Nachtrag zu ?Frage 6?von der letzten Nachricht:

?Frage 6?:
Müssen zwingend die in der Bekanntmachung genannten Library kits verwendet werden?

? Antwort: Ja, insofern der Anbieter nicht nachweisen kann, dass das von alternativ vorgeschlagene Kit zu vergleichbaren Ergebnissen führt.


Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle

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Sehr geehrte Damen und Herren,

wir erhielten die weiteren Rückfragen, die wir Ihnen hiermit mitteilen und beantworten möchten:

?Frage 1?:
Können sie grob abschätzen, ob die verschiedenen Einzelleistungen dann jeweils zusammen zu bestimmten Zeitpunkten geliefert werden oder ob die Einzelleistungen völlig unabhängig zu zu unterscheidlichen Zeitpunkten geliefert werden?

? Antwort: Die Proben werden etwa gleichverteilt über die 4 Jahre geliefert, wobe wir in Jahr 2 und 3 die meisten Proben erwarten. Wir würden eine 20-30-40-10 %tige Schätzung für die 4 Jahre annehmen.


?Frage 2?:
Haben sie eventuell ein konkretes Liefer-Schema, dass sie zur Verfügung stellen können?

? Antwort: Das ist, stand jetzt, noch nicht absehbar. Denkbar wäre z.B. einen Liefertermin pro Monat anzubieten, den wir gegebenenfalls stornieren können, wenn noch keine Proben vorliegen.


?Frage 3?:
Werden jeweils ein fertiger Library-Pool einer Einzelleistung oder mehrere Pools einer Einzelleistung bzw. mehrere Pools verschiedenen Einzelleistungen zum gleichen Zeitpunkt versendet?

? Antwort: Letzteres. Bei mehreren Pools die zeitgleich fertig werden, handelt es sich in der Regel um die selbe DNA, welche dann mit verschiedenen Primern amplifiziert und sequenziert werden muss. Dann werden alle Library-Pools für diese DNA zeitgleich fertig und werden auch alle die selben Index-Sequenzen haben. Die genutzten Index-Sequenzen können aus der folgenden Publikation entnommen werden: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1755-0998.14023 wie der Dienstleister die Proben auf die Sequenzierläufe läd ist ihm überlassen.


?Frage 4?:
Die Anzahl der Library-Pools der Einzelleistung "Amplicon Sequenzierung mit 600 cycles paired-end (2x300 bp)" ist unklar. Sie schreiben: "Insgesamt müssen 26.500 Libraries mit je 100.000 Reads sequenziert werden. Diese werden in mindestens 24 Library Pools vorbereitet, je nach Verfügbarkeit der Proben aber auch in mehr als 12. Insgesamt werden also 2.650.000.000 Reads benötigt." Sind es mindestens 24 oder mindestens 12 Library-Pools?

? Antwort: Entschuldigen Sie bitte diesen Fehler. Es handelt sind um mindestens 24 Pools.
? Die Leistungsbeschreibung wurde aktualisiert und die Änderung in grün markiert. Die aktualisierte Datei liegt unter "Vergabeunterlagen" zur Verfügung vor.


?Frage 5?:
Kann grob abgeschätzt werden, in wie vielen Batches die Lieferung der Proben erfolgen wird? Vor allem zu Sanger, Metagenomen und RNA-Sequenzierungen?

? Antwort: Bei Sanger ist der mindest Batch eine Platte. Metagenome und RNA-Sequenzierungen werden etwa gleichverteilt auf die Jahre 25 - 26 - 27 in einem Batch geschickt.


?Frage 6?:
Müssen zwingend die in der Bekanntmachung genannten Library kits verwendet werden?

? Antwort: Ja.


Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle

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Sehr geehrte Damen und Herren,

wir erhielten die weiteren Rückfragen, die wir Ihnen hiermit mitteilen und beantworten möchten:

?Frage i? Reads pro pool (1a-b)
Gefordert werden total 6500 Mio reads für 12 pools. Dies entspricht ca. 550 Mio Reads per Pool. Sind hiermit Read Pairs (550 Mio R1 + 550 Mio R2) oder Reads (275 Mio R1 + 275 Mio R2) gemeint?

? Antwort: Read-Pairs (550 Mio R1, 550 MioR2), bzw. Cluster.

?Frage ii? Reads pro pool (1c)
In Analogie zu (i): Handelt es sich um 110.4 Mio Read Pairs (110.4 Mio R1 + 110.4 Mio R2) oder Reads (55.2 Mio R1 + 55.2 Mio R2) pro Pool handelt. Ist es möglich die 2 x 250 bp Sequenzierung auf einem NovaSeq durchzuführen? Insbesondere auch, weil im Rahmen eines 2 x 300 bp Laufes die Sequenzierqualität deutlich abfällt.

? Antwort: Auch hier handelt es sich um Read Pairs.
Unser Fragment ist zu lang für 2x250 bp. 2x300 bp sind zwingend notwendig. MiSeq i100 und NextSeq sind weitere Möglichkeiten für 2x300 bp Sequenzierung.

?Frage iii? mRNA sequencing (6)
Soll hier ein polyA enrichment gemacht werden oder ist ebenfalls eine ribo-depletion notwendig?

? Antwort: So wie es das angegebene Kit vorsieht.

?Frage iv? Minimale Batchgrössen (1-6)
Was sind die minimalen Batchgrößen für alle Positionen 1-6?

? Antwort: Die Ready to load Librarys werden einzeln gesendet, sobald fertig gestellt. Die Sanger Sequenzen kommen alle zusammen. Die Metagenome und Transkriptome kommen in 3 etwa gleich großen Batches verteilt auf 25, 26, und 27.
Die minimalen Batchgrößen sind:
1. Read-to-load Sequenzierung: 1 Pool
2. Sanger Sequenzierung: einzelne 96-Well Platten
3. Ready-to-load Sequenzierung: 1 Pool
4. Shotgun Metagenomics Sequenzierung: 60 Proben
5. Total RNA Sequenzierung: 60 Proben
6. mRNA Sequenzierung: 60 Proben

?Frage v?
Wenn pro Amplicon Pool 550 Mio resp. 115 Mio Reads benötigt werden, so besteht die Frage, ob ein Preis nicht per Probe bzw. pro Amplicon Pool angegeben werden sollte und nicht per Mio Reads.

? Antwort: Nein, weil das Pooling von uns flexibel gestaltet werden muss. Somit ist es unmöglich einen Preis pro Probe / Pool anzugeben, weil wir entscheiden ob 12 oder 24 Pools geschickt werden.

?Frage vi?
Werden auch Teilprojekte 1-6 ausgeschrieben oder gehen alle Teilprojekte nur als Ganzes an einen Bieter?

? Antwort: Alles Projekte gehen an einen Bieter.

Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle

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Sehr geehrte Damen und Herren,

es haben uns folgende Bieterfragen erreicht:

F1:
Was ist die erwartete TAT?

F2:
Gibt es Bedingungen für eine bestimmte Dauer der Probenlagerung?

F3:
Welche Ergebnisse/Lieferungen werden erwartet?

Unsere Antworten darauf lauten:

zu F1:
Das ist der erste Satz der Leistungsbeschreibung: 40 Tage ab Erhalt der Proben.

zu F2:
Nein, außer für die Metagenomsequenzierungen, bei denen wir den Rückversand der Proben erwarten. 4. vii)

zu F3:
5ter Punkt der Einleitung:
Die Lieferung erfolgt in Form von FASTQ Dateien, das Demultiplexing nach Index-Reads wird vom Dienstleister vorgenommen.


Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle der UDE

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